Иногда бывает так, что работая с проектом, на локальном компьютере нет всех необходимых библиотек. На сервере они есть, а у тебя нет. У тебя только пути в проекте к ним прописаны. Например, у меня так было с PHP-фреймворком Silex. Все его библиотеки лежат на удаленном сервере и в системе контроля версий их нет. Поэтому когда сливаешь себе копию проекта, чтобы поработать, то PhpStorm не видит Silex и автодополнение не работает. Было крайне не удобно. Но тут наткнулся на статью, в которой было изложено как это исправить.

Оказывается, достаточно скачать себе на локальный компьютер Silex в любое место и в дереве проекта в ноде «External Libraries» выбрать в контекстном меню «Configure PHP Include Paths...».

И добавить папку с фреймворком в окне «Include path». После этого PhpStorm проиндексирует содержимое папки и автодополнение чудесным образом заработает.